מנהלת מערת המכפלה הוקמה כדי לסייע בקידום זכויות העם היהודי ושיפור תנאי המבקרים והמתפללים היהודים במערת המכפלה. המנהלת מסייעת בקידום הסדרי התפילה והביקורים, ושותפה בעול התחזוקה, הנקיון, והטיפול השוטף במקום. המנהלת מקדמת תוספת מתקנים וציוד, ספריות, כסאות, ועוד.
המנהלת מחברת למערה יהודים מרחבי הארץ ע"י ארגון הסעות קבועות ומיוחדות וכן מסייעת לקשור למקום יהודים מרחבי העולם. המנהלת שותפה בארגון האירועים ההמוניים הנערכים בחגים ובמועדים ברחבת המערה, ומעניקה סיוע לעריכת שמחות, חתונות, בריתות ואירועים משפחתיים. יחד עם גופים נוספים, המנהלת מקדמת פרויקטים בתחום ההסברה וחיבור עם ישראל לשרשיו במערת המכפלה.
המנהלת מרכזת משאבים ותרומות לקידום נושאים שונים במערה – הן פרוייקטים תורניים ורוחניים, והן פרוייקטים פיסיים - בתחום הבניה, שיפור התנאים והשירותים וכד', והן פרוייקטים אנושיים – סיוע בהבאת מבקרים, הנעמת שהותם במקום ועוד. הצעות לפרוייקטים נוספים והצעות לתרומות – יתקבלו בברכה.